В ходе полицейской операции против торговцев наркотиками погибает один из стражей порядка. Через информатора в полиции преступники узнают, что в операции принимал участие полицейский из Австралии Престон, работающий в Лос-Анджелесе под прикрытием. Дело обставляется так, чтобы взвалить вину за

Они снова сражаются со злодеями из клана Футов и их главарем Шредером. Благодаря Эйприл О'Нил, профессору Джордану Пери и разносчику пиццы Кено черепашкам удается остановить распространение мутирующего вещества мутагена и спасти жителей Нью-Йорка от страшных мутантов Токка и Разара.