Маленькая Матильда Вормвуд умна не по годам и обладает выдающимися способностями. Она отправляется на учёбу в школу Кранчем, где правит деспотичная директриса Агата Транчбулл.

Ирландия, 1986 год. Преподобный Алистер Бёрк пишет портрет молящейся 8-летней девочки, а на следующий день та бесследно исчезает. 30 лет спустя американская создательница диорам Мелани Томас, вдохновлявшаяся случаями исчезновений людей, после разгромной статьи арт-критика на собственное творчество