Во время битвы с Анимо герой Бен 10 не послушал Макса и Гвен и был поглощен таинственной световой энергией. Бен не догадывался, что саморазрушительная функция часов Омнитрикс была уже включена, посылая сигнал, который достиг Тетракса. Тетракс приходит на Землю и говорит Бену, что они должны найти

Леонардо, Рафаэль, Донателло и Микеланджело являются четырьмя черепахами-мутантами. Они отправляются на поиски приключений, где начинают использовать мистические силы ниндзя, которых они никогда не знали, учиться работать вместе и ориентироваться в опасности современной эпохи, чтобы стать командой